ส่วนคำพิพากษาของศาลมีดังนี้

1. ให้ผู้ถูกฟ้องคดีที่ 1 3 และ 5 ได้แก่ อุตสาหกรรมจังหวัดราชบุรี ผู้ว่าราชการจังหวัดราชบุรี และอธิบดีกรมโรงงานอุตสาหกรรม ใช้อำนาจตามมาตรา 37 วรรค 1 แห่ง พ.ร.บ. โรงงาน พ.ศ. 2535 สั่งให้บริษัท แวกซ์ กาเบ็จฯ (ผู้ร้องสอด) ระงับการกระทำที่ฝ่าฝืน หรือแก้ไข หรือปรับปรุง หรือปฏิบัติให้ถูกต้องเหมาะสมภายในเวลาที่กำหนด ในการประกอบกิจการโรงงาน ตามทะเบียนโรงงานเลขที่ จ3-64(11)-1/45 รบ และทะเบียนโรงงานเลขที่ 3-106-1/46 รบ และหากบริษัท แวกซ์ กาเบ็จฯ จงใจไม่ปฏิบัติตามคำสั่งดังกล่าว ให้ปลัดกระทรวงอุตสาหกรรม (ผู้ถูกฟ้องคดีที่ 4) หรือผู้ที่ปลัดกระทรวงอุตสาหกรรมมอบหมาย สั่งให้บริษัท แวกซ์ กาเบ็จฯ หยุดประกอบกิจการทั้งหมดหรือบางส่วนเป็นการชั่วคราวหรือสั่งปิดโรงงานตามมาตรา 39 วรรค 1 หรือวรรค 3 ตามแต่กรณี

2. ให้ปลัดกระทรวงอุตสาหกรรม หรือผู้ที่ปลัดกระทรวงอุตสาหกรรมมอบหมาย ใช้อำนาจตามมาตรา 39 วรรค 3 แห่ง พ.ร.บ. โรงงาน พ.ศ. 2535 ออกคำสั่งปิดโรงงาน ทะเบียนโรงงานเลขที่ 3-106-2/46 และ 3-106-4/46 รบ .

3. ให้นายกองค์การบริหารส่วนตำบลรางบัว (ผู้ถูกฟ้องคดีที่ 2) ใช้อำนาจตามมาตรา 60 แห่ง พ.ร.บ. การสาธารณสุข พ.ศ. 2535 เพิกถอนใบอนุญาตประกอบกิจการที่เป็นอันตรายต่อสุขภาพของบริษัท แวกซ์ กาเบ็จฯ .

4. ให้ผู้ถูกฟ้องคดีที่ 4-6 ประกอบด้วย ปลัดกระทรวงอุตสาหกรรม อธิบดีกรมโรงงานอุตสาหกรรม และกรมโรงงานอุตสาหกรรม ใช้อำนาจตามมาตรา 42 พ.ร.บ. โรงงาน พ.ศ. 2535 ในการฟื้นฟูสภาพความเสียหายของทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม หรือจัดการแก้ไขปัญหามลพิษหรือผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อมที่เกิดขึ้นจากโรงงานของบริษัท แวกซ์ กาเบ็จฯ

ทั้งนี้ ตามคำพิพากษาข้อที่ 1-3 ให้ดำเนินการให้แล้วเสร็จภายใน 60 วัน นับแต่คดีถึงที่สิ้นสุด และตามคำพิพากษาข้อที่ 4 ให้ดำเนินการให้แล้วเสร็จภายใน 120 วัน นับแต่คดีถึงที่สิ้นสุด และศาลสั่งยกฟ้องผู้ถูกฟ้องคดีที่ 7-9 ประกอบด้วย องค์การบริหารส่วนตำบลรางบัว จังหวัดราชบุรี และกระทรวงอุตสาหกรรม ส่วนคำขออื่นนอกจากนี้ให้ยกฟ้อง ทั้งนี้คู่กรณีทั้งสองสามารถยื่นอุทธรณ์ไปยังศาลปกครองสูงสุดได้ภายใน 30 วัน

ขณะที่ ประชาชนในพื้นที่ ต.น้ำพุ และ ต.รางบัว ที่ต้องเผชิญกับมลพิษอุตสาหกรรมจากการประกอบกิจการคัดแยกและรีไซเคิลของเสียอุตสาหกรรมของบริษัท แวกซ์ กาเบ็จฯ มาตั้งแต่ พ.ศ. 2543 โดยผลกระทบที่เกิดขึ้นได้สร้างความเสียหายให้กับ “ห้วยน้ำพุ” แหล่งน้ำสาธารณะที่สำคัญของชุมชน ก่อให้เกิดการปนเปื้อนของสารเคมีอย่างรุนแรง ทำให้คนในชุมชนไม่สามารถใช้น้ำสำหรับอุปโภคบริโภคได้ พืชผลทางการเกษตรยังเกิดความเสียหายและล้มตายเป็นพื้นที่วงกว้าง คนในชุมชนสูญเสียรายได้หลักไปอย่างมากมาย

ปัจจุบันอยู่ระหว่างการดำเนินการขนย้ายกากอุตสาหกรรมออกจากพื้นที่ และจะดำเนินการฟื้นฟูสิ่งแวดล้อมต่อไปโดยกรมโรงงานอุตสาหกรรม ด้วยงบประมาณของรัฐ

หลังฟังคำพิพากษาศาล ตัวแทนผู้ฟ้องคดีจากพื้นที่ได้แสดงความเห็นว่า การตัดสินคดีปกครองครั้งนี้มีความล่าช้ามาก โดยใช้เวลายาวนานกว่า 6 ปี แต่ความเสียหายที่เกิดขึ้นในพื้นที่นั้นกลับเพิ่มขึ้นทุกวัน และผลการตัดสินครั้งนี้ทำให้เห็นว่าข้อบทกฎหมายนั้นอ่อนมาก เพียงชี้ว่ามีการละเลยการปฏิบัติหน้าที่ทั้งด้านการกำกับดูแลและการฟื้นฟูสิ่งแวดล้อม แต่ไม่มีการลงโทษใด ๆ เลย ส่วนที่ให้สั่งบริษัทฯ หยุดทำผิดหรือเพิกถอนใบอนุญาต ทุกสิ่งก็ผ่านไปหมดแล้ว

ด้านนายกสมาคมต่อต้านสภาวะโลกร้อน ศรีสุวรรณ จรรยา เห็นว่าคำพิพากษาของศาลในครั้งนี้ตัดสินไปที่ตัวบุคคล แต่กลับยกฟ้องหน่วยงานฐานละเลยต่อการปฏิบัติหน้าที่ ขั้นต่อไปจึงเตรียมยื่นร้องต่อ ป.ป.ช.