วัดเหนือบางแพ เดิมเป็นวัดร้าง ไม่ปรากฎหลักฐานว่าสร้างเมื่อใด มีเพียงพระอุโบสถหลักเล็ก ๆ อยู่หลังเดียว มีพระประธานทำด้วยศิลาแลง สันนิษฐานว่า น่าจะสร้างขึ้นในสมัยกรุงศรีอยุธยา หรือปลายสมัยอู่ทอง ก่อนปี พ.ศ.2440 ในสมัยรัชกาลที่ 5 ได้มีขุนศรีรักษาราษฎร์ หรือว่านนท์ ชาวบ้านต.ท่าล้อ จ.กาญจนบุรี พร้อมด้วยพรรคพวกรวม 4 ครอบครัว มีขุนอินทร์ หรือม่วง ขุนณรงค์เดชและขุนเทพภักดี ได้อพยพมาตั้งถิ่นฐานอยู่ที่ต.บางแพ

ต่อมา พ.ศ.2444 ได้มีพระธุดงค์ปักกรด ได้ธุดงค์มาบริเวณนี้ ขุนเทพนารายณ์หรือว่าพุ่ม ขุนไกรนารายณ์หรือพัน ขุนวิชิตหรือพู่ และขุนอินทร์หรือรื่น ได้นิมนต์ท่านให้จำพรรษาอยู่บริเวณนี้ โดยได้สร้างกุฏิชั่วคราว ต่อมาได้มีพระอยู่จำพรรษามิได้ขาด ท่านขุนทั้ง 4 พร้อมกับชาวบ้านจึงช่วยกันสร้างกุฎิถาวร สร้างหอฉันท์ สร้างหอสวดมนต์และขยายพระอุโบสถ วัดเหนือบางแพ จึงได้เริ่มก่อตั้งนับตั้งแต่นั้นมา พ.ศ.2454 พระอาจารย์โล่ง เจ้าอาวาสในขณะนั้น ได้อาราชธนาพระพุทธวิริยากร จากวัดสัตตนาถปริวัตร จ.ราชบุรี มาเป็นอุปัชฌาย์บัญญัติขึ้นเป็นวัดเป็นต้นมา

สิ่งศักดิ์สิทธิ์ภายในวัด

+ มณฑปพระพุทธโพธิญาณ เป็นที่ประดิษฐานของ พระพุทธโพธิญาณ สร้างขึ้นอยู่ข้าง ๆ พระอุโบสถ เป็นทรงจาตุรมุขสองชั้น ขนาด 10X15 เมตร โดยที่ชั้นที่สอง สร้างโดยใช้ไม้สักทองแกะสลักทั้งหลัง มีกำแพงแก้วเป็นพญานาค ทำด้วยหินทรายทั้งหลัง โดยมีการวางศิลาฤกษ์ไปเมื่อวันที่ 9 เมษายน 2559

+ พระพุทธโพธิญาณ ย้อนกลับไปเมื่อปี พ.ศ.2504 พระปลัดเปลื้อง ญาณมุตโต รองเจ้าอาวาสในขณะนั้น ไอ้อาพาธเข้ารับการรักษาที่ รพ.สงฆ์ มีอาการไข้สูง มีอาการเพ้อ ซึ่งหมอได้บอกว่า ท่านจะอยู่ได้ไม่เกิน 1 สัปดาห์ ทางวัดจึงได้ส่งคนไปตามศิษย์ของท่าน และบอกให้ไปช่วยกันขุดพระที่ใต้ต้นโพธิ์หวังว่านให้ท่านที เพราะพระองค์ดังกล่าว ได้จมดินมานานแล้ว โดยพระปลัดเปลื้องได้บอกว่า เมื่อตอนเช้ามีผู้มาบอกขอให้ช่วยกันขุดขึ้นมา และท่านจะไม่มรณภาพ ชาวบ้านจึงได้ช่วยกันขุดขึ้นมา และได้พบพระและได้ทำการปั้นตกแต่งในส่วนทีชำรุดใหม่ ส่งให้พระปลัดเปลื้อง อยู่ต่อได้อีก 2 เดือน และได้มรณภาพ

ต่อมาสมเด็จพระมหาวีรวงศ์ เจ้าอาวาสวัดมกุฎกษัตริยายาม ได้รับสถาปนาเป็นสมเด็จพระสังฆราช จึงได้ประทานนามพระที่ขุดขึ้นมาว่า "พระพุทธโพธิญาณ ไพศาลกรุณาธิคุณ วิบูลย์สันติสุข นิรทุกข์ นิโรคาพาธ บรมโลกนาถบพิตร"

พระพุทธโพธิญาณฯ เป็นพระพุทธรูปที่มีความศักดิ์สิทธิ์ และพบปาฎิหารย์นับตั้งแต่ขุดพบ โดยเหตุการณ์นาอัศจรรย์เกิดขึ้นหลายครั้งเช่น มีโจรมาขโมยองค์หลวงพ่อ แต่ไม่สามารถนำไปได้ไกล ต้องนำความคืนวัด , มีคนตกต้นตาลที่สูง แต่ตกมาแล้วไม่เป็นไรเลย มีเพียงเหรียญหลวงพ่อเหรียญเดียวเท่านั้น , ชาวบ้านทำของหายเลยไปบอกหลวงพ่อ วันรุ่งขึ้นก็ได้ของคืนกลับมา เป็นต้น